1. Dagli atti di causa risulta che l'attuale appellante e originario ricorrente è proprietario dell'immobile sito nel Comune di Noicattaro, su area qualificata come B2 del PRG, realizzato intorno al 1938 e nel corso del tempo sistemato e completato dai danti causa del ricorrente anche mediante due DIA del 14 agosto 1996 e del 20 novembre 1996.
Lo stesso Comune, nel 2011, contestava il mancato perfezionamento delle due citate DIA perché inefficaci, essendo state oggetto di osservazioni formulate con note comunali del 9 settembre 1996 e del 28 novembre 1996, in quanto nel corpo di fabbrica principale risultavano essere stati abusivamente realizzati tra il novembre 1958 e il novembre 1996, vani adibiti a cucina, bagno, ripostiglio e disimpegno.
Così l'originario ricorrente impugnava l'ordinanza comunale n. 33 del 26 aprile 2012, di demolizione dei suddetti vani di piano terra prospicienti il cortile interno, nonché la citata nota del 28 novembre 1996, deducendo più motivi di censura per violazione di legge ed eccesso di potere sotto diversi profili.
2. Con la sentenza impugnata, il Tribunale amministrativo respingeva il ricorso evidenziando che:
a) dalla planimetria catastale del 1940, dai verbali di accertamento catastale del 1942 e del 1960, dai rilievi aerofotogrammetrici e dalla corrispondenza privata versata in atti, esisteva sino al 1996, nel cortile retrostante il fabbricato del ricorrente, soltanto un pollaio di forma rettangolare di ventidue metri quadrati;
b) il citato pollaio sarebbe stato poi trasformato in mini-alloggio con bagno, cucina, ripostiglio e disimpegno avendo la dante causa dell'originario ricorrente denunciato al catasto, ai fini degli adempimenti di cui all'articolo 8 della L. 1 ottobre 1969, n. 679 R(Semplificazione delle procedure catastali), un ampliamento dei vani siti sul lato nord, nel cortile retrostante l'abitazione principale;
c) nella DIA presentata al Comune in data 20 novembre 1996, il manufatto ampliato era stato indicato come preesistente, pur non risultando alcun titolo abilitativo per tale ampliamento, visto che si non potevano considerare tali le licenze edilizie del 26 novembre 1958 e del 13 maggio 1961 riguardanti lavori diversi sul fabbricato principale e non sul pollaio;
d) neppure le opere realizzate con DIA risultavano legittime, avendo il Comune asserito, con la nota impugnata del 28 novembre 1996 inibitoria dell'inizio dei lavori, che la seconda DIA, ricomprendente anche i lavori segnalati con la prima DIA, fosse illegittima, non essendo stato convertito in legge il decreto-L. 24 settembre 1996, n. 495 su cui si fondava la presentazione della medesima DIA;
e) il citato provvedimento inibitorio risultava, contrariamente a quanto affermato dal ricorrente, formalmente inviato alla persona all'epoca proprietaria dell'immobile e comunque non vi era mai stata la comunicazione di chiusura dei lavori, né sussisteva la certificazione di conformità all'autodichiarazione iniziale, il che evidenziava una DIA non perfezionata;
f) il convincimento del ricorrente, secondo il quale gli effetti del citato D.L. 24 settembre 1996, n. 495 R(Misure urgenti per il rilancio economico ed occupazionale dei lavori pubblici e dell'edilizia privata), non convertito, erano stati fatti salvi dall'articolo 2, comma 61 della L. 23 dicembre 1996, n. 662 (Misure di razionalizzazione della finanza pubblica), risultava opinabile. Ciò in quanto la DIA, presentata il 20 novembre 1996, avrebbe iniziato a produrre i suoi effetti solo venti giorni dopo, cioè dal 10 dicembre 1996, data in cui il decreto-legge era già decaduto perché non convertito, di guisa che esso non avrebbe potuto operare al di fuori del periodo di temporanea vigenza e per situazioni giuridiche verificatesi dopo quel periodo. La DIA non avrebbe, in ogni caso, potuto coprire le opere di ampliamento abbisognevoli di un titolo espresso per essere realizzate;
g) la conformità del manufatto alla disciplina urbanistica vigente all'epoca della sua realizzazi